Revenant Wings begint één jaar na Final Fantasy XII. In het begin van de game word je geconfronteerd met vier hoofdpersonages uit het vorige spel met de aanwezigheid van Balthier, Fran, Penelo en Vaan. Samen trekken ze naar Bervenia waar ze Ifrit tegenkomen en twee rare kristallen vinden. Na dit uitstapje keren Vaan en Penelo terug naar Rabanastre waar ze een luchtschip veroveren, dat ze gebruiken om te reizen.

Tijdens hun reis belanden ze per ongeluk in Lemurés waar ze de Aegyl Llyud ontdekken. Hij leert hen dat de Aegyl vechten met luchtpiraten die hun eiland aanvallen op zoek naar schatten. Vaan en Penelo besluiten om de Aegyl te helpen in hun strijd, wat leidt tot een typisch Final Fantasy verhaal dat iets luchtiger is dan gebruikelijk.